임시이사가 파견된 이유는 대학마다 다양하다. 임시이사 파견 사유는 크게 △임원간 분쟁 △부당 운영 △회계 부정으로 나눌 수 있다.
임원간 분쟁은 설립자 가족간 또는 임원간 갈등으로 결원을 보충하지 못 해 임시이사체제로 전환된 경우다. 광운대, 대구미래대학, 덕성여대 등이다. 덕성여대에서는 지난 1997년 학사행정 간여 등의 사유로 임원취임승인이 취소됐던 박원국 씨가 대법원 판결에서 승소해 2001년 1월 이사장에 복귀했으나 교원 3명을 재임용에서 제외해 다시 학내갈등이 발생했다. 이후 임원간 의견 불일치로 이사정수 7인 중 4인이 결원돼 교육인적자원부는 이사회 기능이 마비된 것으로 판단, 같은 해 임시이사를 파견했다.

재단 부당운영이 적발돼 임시이사가 파견된 곳은 대구대, 영남대 등이다. 임시이사체제가 가장 오래 지속되고 있는 조선대도 여기에 포함된다. 대구대는 설립자 장남인 고 이태영 총장이 미국에 체류하던 중 학교경영을 맡은 부인의 독단적 운영으로 장기간 분규가 지속됐다. 이후 1993년 교육부 감사결과 학교회계 불법사용, 교육부 지시사항 미이행 등이 적발돼 1994년 임시이사체제로 전환됐다. 영남대는 박정희 전 대통령 서거 후 학생 및 일부 교수가 박 전 대통령 가족의 학교 운영 포기·이사진 퇴진을 요구하면서 이사 전원이 사퇴해 1989년 임시이사가 선임됐다.

경기대, 세종대, 한중대 등은 구재단이 회계부정을 저지른 사실이 적발돼 임시이사체제로 전환됐다. 강원관광대학, 서일대학, 탐라대 등도 비슷한 이유로 임시이사가 파견되는 등 임시이사 선임 사유 중 교비 유용·횡령 등 회계 부정에 의한 것이 가장 많은 부분을 차지하고 있다.
경기대는 손종국 전 총장이 교수 임용시 금품수수혐의로 2004년 4월 구속돼 같은해 12월 교육부가 임시이사를 파견했다. 세종대는 2004년 10월 교육부 시정요구 사항을 미이행(12건 중 9건 이행, 3건 부분이행)함에 따라 임원들이 자진사퇴하고 후임에 임시이사가 선임됐다. 

한편 최재성 대통합민주신당 의원실이 지난 2005년 발표한 국정감사 자료에 따르면 임시이사가 최초로 선임된 1988년 이후 90~92년, 95~96년을 제외하고 매년 한 대학 이상 임시이사가 선임된 것으로 나타났다.

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