1999년 11월 23일부터 12월 4일까지 11일 동안 교육부가 실시한 경기대 종합감사 결과에 따르면, 경기대는 1999년도에 김 아무개씨 등 20명의 겸임교수에 대해 강의를 담당하지 않는데도 매월 50만원씩 보수를 지급했다. 이 가운데는 교수자격기준에 미달하는 사람도 6명이나 포함돼 있었다.
또한 같은 해 경기대는 대우교수를 임용하고 한 학기에 1∼2회만 대학원 특강을 한 우 아무개씨 등 10명에게 매달 50만원에서 2백만원씩 일정한 보수를 지급했다. 그 가운데 신 아무개 씨에게는 전혀 강의를 하지 않는데도 매월 1백만원의 보수를 지급했다.
당시 교육부는 경기대에 대해 “겸임교수, 대우교수 채용 및 관리가 부당하다”며 손종국 총장등 4명에 대해 경고처분하고, “겸임, 대우 교수는 강의담당 시수를 고려하여 채용하라”고 통보했다.
그러나 경기대는 이후 1999년 9월부터 김용현 전 고등교육국장, 김 아무개 교수(다중매체 영상학부), 배 아무개 교수(다중매체 영상학부, 아태재단 미주후원회장) 등을 전임교수로 임용하고 강의와 연구를 하지 않음에도 불구하고 월급을 지급해온 것으로 밝혀져 교육부 감사를 무색케 했다.
경기대는 노조가 올해 이들 교수에 대해 문제를 제기하자 김 아무개 교수(다중매체영상학부)를 징계위원회에 회부한 것으로 알려졌다.
또 교육부는 1999년 감사에서 1998년 전임교원 임용 당시 1차 서류·연구실적 평가에서 윤 아무개씨, 김 아무개씨, 이 아무개씨, 신 아무개씨가 각각 91점, 89점, 82점, 70점을 받았으나 손 총장이 단독으로 면접을 치르고 꼴찌였던 신 아무개씨에게만 면접점수를 만점(50점)을 줌으로써 결국 신씨를 합격시킨 것을 확인하고 손 총장에 대해 경고 조치했다.
한편 경기대 총학생회는 지난 30일 기자회견을 열고 “손 총장이 2백여평규모의 초호화 빌라에 살면서 공·사 구분이 뚜렷하지 않다. 구입경비와 운영비용에 대해 해명하라”고 촉구했다. <사진>이날 공개된 등기부 등본에 따르면 손종국 총장은 19살, 21살된 두 아들과 본인 명의로 2001년 6월 1일 서울시 서초구 방배동 ㅊ빌라 102호와 202호를 구입했다. 손 총장이 구입한 ㅊ빌라는 등기부 등본상에는 69평으로 기재돼 있으나 주변 공인중개사 사무실에서는 “호화주택에 대한 과중한 세금부담을 피하기 위한 것으로 실 건평은 1백여평이 넘으며, 분양가가 13억원 이상이었다”고 말했다.
이에 대해 김인술 총장비서팀장은 “사저를 외부손님 접대에 사용한 것”이라며, “호화빌라로 사회지도층 인사들이 비난을 받는 상황이기 때문에 도의적인 차원에서 이를 처분하고 이사할 계획이다”라고 밝혔다.